Da bi Atmega328 radio nezavisno od Arduino plocice, potrebno mu je obezbediti iste uslove kao sto ima i na Arduino :)
To je pre svega 5V napajanje (mada moze i 3.3V), kristal sa pratecim 18pF kondenzatorima i par kondenzatora za decoupling napajanja. To je osnovno da bi radio.
Sta ces dalje od periferija da upotrebis to je tvoj izbor.
Recimo imas serisku RX/TX vezu 5V iz IC, ako ti dovoljno onda ne treba nista vise, ako ti treba da uvezes sa PC treba ti naponski konverter poput MAX232.
Ako ti treba USB onda ti treba i onaj FTDI chip kao na Arduinu ili neki slican IC koji obezbedjuje USB konektivnost.
Ostatale I/O buffere, tranzistore, LED, sta god, dodajes isto kao i na Arduino.
Oko bootloadera, to je parce programa koje se usnimava u Atmega328 i koji ti obezbeduje posle da mozes svoj program da ucitas u njega samo koristeci serisku vezu, ne treba ti programator.
Da bi usnimio bootloader u Atmega328 TREBA ti programator ali na srecu to se lako da ispovezati kada imas vec Arduino, pogledaj ovaj link:
https://www.arduino.cc/en/Tutorial/ArduinoISP