Ja sam dosta radio sa Vorkbenčom (http://wb.mysql.com) i baš često sam razmenjivao bazu sa ostalim članovima tima i nikad nisam naišao na neki problem.
mysqldump -u userlocal -ppassword imebaze | mysql -h lokalniracunar -u userremote -ppasword baza
Ukoliko hoces gui, onda je preporuka navicat (verzija koja ovo moze nije free).
jedino nije dobar ukoliko je baza ogromna, onda svakako koristi shell/ftp/ssh...