Istine radi kloxo, cpanel, isp config... to su ti neki standardi koje ćeš zateći na većini hosting provajdera. Podešavanja koje kloxo radi, nisu vezana za program, nego su to podešavanja servera. Ako program pukne, server će ostati, ali definitivno će ti biti otežan rad. Najidealnija je ručna instalacija, ali ako misliš da proširiš svoju "delatnost" na hosting više sajtova, gde bi imali i drugi ljudi pristup nekim svojim sajtovima, mislim da je ovo što sam ti naveo najbolje rešenje.
Da bi mogao dalje da radiš treba da od firme od koje si zakupio domen se dogovoriš oko dns servera (ima 2 varijnate: ili oni da prave prema tvojim potrebama dns zonu, ili da definištu tvoj dns server master server za dns tvoju zonu). Ako ti definišeš dns zone i imaš više računara (LAN mreža) u svojoj unutrašnjoj mreži, potrebno je da napraviš poglede na dns (view) da bi razdvojio unutrašnju dns i spoljašnji dns (da bi se iznutra radilo u lokalu i ne bi se opterećivao bezveze link). Ono što je potrebno da definišeš su dns, apache, ftp-server (moja topla preporuka je ili vsftpd ili pro-ftpd server), mail server, mysql server i šta je već sve potrebno. Jedina nepoznanica ti je spoljna ip adresa koja mora biti iskoordinisana sa tvojim isp-om i najbolje je da to bude fixna ip adresa. Bila bi poželjna zaštita servera nekim routerom (kvalitetnijim) ili računarom koji će imati samo ulogu zaštite da ne bi server bio izložen direktno spolja.
Za neku pomoć oko samih konfigurisanja, osim čitanja i učenja možeš da pogledaš na
howtoforgeu, ali generalno iskustvo je majka.
Nadam se da sam ti pomogao.